200uL全血基因组提取时,样本中有少许血凝块,一定要过液化柱吗?
根据我们英芮诚长期做核酸提取外包服务的经验,我们认为是不必要的,就是说不一定非要过液化柱。
但是呢,话讲回来,不过液化柱,并不是说对于全血里少许的血凝块熟视无睹,因为存在血凝块会带来几个问题:
第一会导致我们取血不均匀;
第二会导致裂解不均匀;
第三在提取过程中会导致磁珠缠牢在没有裂解好的血凝块上面,导致提取的不均匀。
这样会出来的数据OD值偏低,另外260/280纯度比较差。既然存在少于血凝块的时候会出现后续的这些问题,为什么可以不用过液化柱呢?其实我们有一个量的概念,也就是说,如果我们血凝块不是太多的时候,我们在取血的时候只要能够把这些血凝块能够把它打碎掉,那么就OK了。
我教给大家一个比较方便的办法,我们一般用的黄枪头(200uL取血),将枪头的前段剪短(剪取3mm-5mm的距离),让枪头孔变大,减的时候尽量稍微倾斜一点点,不要垂直的剪,用移液枪插上被剪过的枪头在血样里反复的吹打。靠被剪过的枪头的剪切力使血凝块尽量的分散开、分散均匀,取样的时候,换一个其他的黄枪头来进行取样,保证我们取样的均匀,这个时候用黄枪头来取样,最好也是把枪头剪掉一点点,因为我们的黄枪头孔可能太小,这样我们在取样的时候会有一点点血凝块堵塞枪头,血样吸不进去(一种情况是吸不动,一种情况是血凝块较软,堵塞因为吸力慢慢往里进,突然一下,血样会喷到枪体里,会污染枪)。
刚才我们介绍有血凝块会导致取样不均匀、裂解不均匀、OD值会变差,如果说这里面有少许血凝块,刚才通过剪枪头的方式能够把这个血取的比较均匀的时候,那么后续裂解的时候,建议大家裂解液稍微多加一点点(像我们的试剂盒,200uL血加200uL裂解液,为1:1的关系,应为有少许血凝块的关系,200uL的血可以加220-250uL的裂解液,多加几十微升),在裂解的时候还要注意个问题,如果我们裂解的不充分,会导致后面的OD值变差,所以裂解的时候要有振荡,振荡有两种方式来解决。
第一种,如果我们实验室没有其他辅助设备,裂解还是靠水浴锅或者金属浴来裂解,第一裂解的时间稍微延长一点,比试剂盒上约定的时间延长15-20min,这样有助于血凝块的裂解;
第二非常重要,就是在加热裂解的过程中一定要振荡涡旋一下(5-10min取出,涡旋1min),让血凝块和裂解体系快速的分散开,否则会导致裂解不充分。最好的方式是英芮诚有一款‘96孔板专用振荡裂解仪’,我们选择在96孔板上或者放置在EP管里,它是在一个恒定的温度下边振荡边裂解,这样整个过程第一可以缩短时间,第二保持裂解的过程很均匀、柔和。涡旋振荡加热,提供58℃-60℃的恒定温度,蛋白酶效率高。
这就是我们讲到说血液里有少许的血凝块,第一在取血过程中要把枪头剪掉一点,反复的吹打,使血凝块尽量的分散开,然后再用减掉头的黄枪头进行取样;第二裂解的时候要多加一点裂解液,多增加裂解时间;第三非常重要,裂解过程中一定不要把它放在水浴锅或者常规金属浴上不去管它,一定要在裂解过程中每隔5-10min涡旋一下(涡旋速度可以稍微快一点,1min左右,不会导致全血基因组降解)。