《二师兄聊磁珠2》前几集与大家聊了聊磁珠法核酸提取常出现的情况,从这集开始咱们开始来聊聊”磁珠法核酸提取那点事儿”之磁珠法血液DNA提取那点事儿。
“对于大体积粘稠血样,洗脱液中偶尔会出现漂漂浮一层“油状非磁性物质”,如何解决?”
“200uL全血基因组提取时,样本中有少许血凝块,一定要过液化柱吗?”
“全血裂解时同时操作上百个样本,不想用水浴锅裂解,滴滴答答太湿了,直接用烘箱可以吗?”
“200uL全血基因组提取时样本中有少许血凝块,可以用磁珠法仪器内部裂解版试剂盒吗?”
“全血基因组提取的清洗过程中磁珠没有完全分散均匀,影响结果吗?“
... ...
划
重
点
不仅仅是在大体积粘稠血样中会出现类似情况,即便是在200ul全血核酸提取过程中也会出现类似情况,在高脂肪类的动物组织中(如猪耳朵、胎盘、猪尾巴)、血凝块,这类样本在我们实验中已完成多次核酸提取,如果我们通过常规的核酸提取,洗脱液中偶尔会出现漂漂浮一层“油状非磁性物质”。现在我们日常生活物质水平提高较快,大家吃肉类食物频率较以往大幅度提高,所以出现血脂偏高,这里面的物质大部分来源于脂肪,我们在做猪肉、猪尾巴、猪耳朵的过程中都会发现,但是做鱼、虾几乎没有这些物质。其实少量磁珠外面包裹着油脂性的物质不断被吸走之后,磁性会减弱,而且在醇相清洗过程中也没有清洗完毕。
我们自身在做的过程中,有三种方式来解决这个问题,大家可以在工作中借鉴一下。
第一种方式就是在裂解过程中适当的增加一些裂解时间和增加一点裂解液,让裂解更加充分,同时增加裂解液让样本稀释一点,这样就会让这些油脂物质下降一些。
第二种方式就是使用我们公司自己开发的‘96孔板专用振荡裂解仪’,我们把我们的样本放置在96孔板上或者放置在EP管里,再置于我们的仪器上,它是一个边振荡边裂解的过程,这样第一裂解的很充分,第二也能使这些油脂物质不聚团,这样就不容易吸附磁珠,为什么要用到振荡裂解呢?在我们的生活中,就像我们洗衣服一样,总是浸泡着,衣服很难洗干净,所以滚筒洗衣机一直在滚动,没有滚筒洗衣机,我们以前用搓衣板搓,要动起来,这样我们就比较均匀,如果说我们不用这种方式,而是用水浴锅、金属浴,属于静态的,第一裂解不充分,第二会造成这些油状类的物质成团,成团后易包裹于磁珠上面,所以说在裂解过程当中建议大家用动态的裂解仪。
第三种方式就是在做的同时结合用除醇液的方式,也就是说利用我们ETP-300核酸提取仪来做的时候,我们在96孔板里的第5/11号孔位使用除醇液,因为除醇液属于水相,不但能把醇快速除掉,它还能够把附着在这团磁珠表明的一些油状的非磁性的物质留在除醇液里面,通过这样的方式也能够有效的把这一层油状的或非磁性的物质去除掉。通过这几种方式的结合,我们最终我们能够使洗脱液中尽量不要出现油状的或非磁性的物质,如果我们使用上叙几种方式后,在洗脱液上方还会漂着一点点油状的物质,这时候我们可以想象一下,在水里滴上一滴油,上层的一些东西,出现这些怎么办呢?我们用的是核酸纯化柱,把这些洗脱液置于柱子里通过离心机,离心一遍,把油状物质留在柱膜上,离心出来的就是干净的洗脱液。
我们要充分的理解它的来源,然后根据来源再去做后续的处理,最好的办法是在结合之前把它处理掉,处理掉之后用除醇的方式再去除掉,如果在第二关还没有解决,那么到第三关到洗脱液里面,那么用核酸纯化柱离心一次,把它离心掉。给大家演示一下,我们测OD的时候,如果只是表面漂浮着极少量的油状物质,不会影响的,。如果洗脱液里有明显的团状的包裹磁珠,这时候不经过离心纯化,测出的OD数据将非常差,所以到第三关前还是解决不了这些物质,就要通过离心把它离心掉。这个就是在做大体积血样要这样处理,动态的裂解、多加裂解液、利用除醇液、核酸纯化柱离心。
本集结束