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《二师兄聊磁珠2》之磁珠法核酸提取那点事儿6、对于基质干扰大的粘性样本如何选择磁珠

发布日期:2018-11-14信息来源: 《二师兄聊磁珠2》之磁珠法核酸提取那点事儿点击率:

有朋友咨询对于基质干扰大的粘性样本如何选择磁珠?

  比如大体积全血、5mL全血、5mL血凝块,我们收集完白细胞之后,再裂解完毕。这个时候,因为我们裂解完细胞之后理论上里面的核酸或者细胞裂解物的浓度很高,比较有粘性,还有一些像做油脂类样本、转基因样本的时候,因为油脂本身的粘性比较大,那么这时候该如何选择磁珠呢

  因为不同粒径的磁珠的磁响应性是不一样的,粒径较大的磁珠的磁响应性比较大,粒径较小的磁珠的磁响应性比较小。但是粒径大小不一样的时候,它对于核酸的吸附,对于不同的片段有不同的喜好性,比如说对于我们的0501这款磁珠的粒径稍微大一点,但是它对于片段稍微小一点的喜好性会比较大,像0517这款磁珠的粒径100nm,它对于大片段的DNA的喜好性可能比较好一点,但是它因为粒径是100nm,它本身的磁响应性会比较弱一点。磁响应性比较弱了,那么如果粘性太大的话,它会表现出磁珠在吸附核酸之后,容易使我们的仪器(磁棒)或者手动做(磁铁)去吸的时候发现吸不动,这时候怎么办?口头一个讲法就是‘变得消磁了’,其实不是它消磁了,而是因为它外面包裹着很多粘性的物质,他跑不动了,就像我们观察过池塘里的鱼卵,鱼卵中间一个很小的黑点,外面包裹着很多粘性的东西,就像这样的状态,我们再去拿吸铁石取吸的时候,它不是消磁,它是太大太粘了,样本又粘,磁珠吸着那圈黏糊糊的东西,又吸上水之后半径可能变成几微米,甚至更大的,加上粘的样本,阻力会更大的,它跑不动。如果说长时间的吸(过夜的吸),它其实能跑动的,过夜吸还是吸的过来的,但是我们的工作中不可能吸附一个东西弄一个磁珠分离,让它吸附过夜,这个不太现实的。这样的话我们工作没有任何效率可言了。

  那么针对这种情况呢,其实我们开发了一款surface HP的磁珠,这款磁珠简单的认为是说在一个叶片上面镶嵌了很多磁珠,就像杨树、柳树叶子上面长的很多小球一样。它这个磁珠既保留了磁珠上面的小球对核酸的吸附能力,同时又把这些球镶嵌在很多叶片上面,这样它整体的磁响应性会变得比较强,那么在磁吸的过程中就会比较容易了,所以说对于那些基质粘性比较高的样本呢,我建议大家选择我们的surface HP这款磁珠,那么当它应用于粘性比较大的样本的时候呢,它要好吸就会带来新的问题,它会表现出来悬浮性比较差,如果在纯水里面会发现这款磁珠会下沉较快,但如果在粘性样本里面的,它的沉降速度没那么快,但比较好吸。

   这款磁珠对它介绍,大家可以到我们公司网站下载Enriching Beads®磁性硅颗粒用于核酸提取与纯化(中文版)》,里面有专门的一个章节对它有一个详细的介绍。

   所以说对那些粘性比较大的样本,我们建议大家在选择的时候选择这款,把很多磁珠镶嵌在一个叶片上的surface HP磁珠,它可以解决粘性样本来阻止磁珠被吸附的问题,同时没有影响到磁珠本身对核酸的提取。这款磁珠还有一个除了吸附核酸容易被分之外还有另外一个优势,就是这款磁珠它对于那些粘的或者对于那些蛋白质的吸附能力会比较弱,也就是说用这款磁珠吸附完样本后会发现它的OD值、260/280260/230会比较好,这就是磁珠本身的因素带来的这么好的结果。

   当然这款磁珠用于纯水相的吸附的时候,因为比较容易沉降,所以大家在用的时候,摇匀完之后快速分到96孔板或者EP管中,分完后再去摇,摇匀至悬浮均匀,再把它分下一组里面,因为这款磁珠比较重,所以说它在纯的水相里沉降较快,这就是在使用过程中大家当心的一点。

   还会有人建议说:这款磁珠沉降的比较快,我们把它分散在粘性高的分散液里好不好呢?比如说聚乙二醇,我们个人不太建议这款磁珠分散在高粘性的环境里,因为磁珠分散在聚乙二醇200060008000这些粘性高的体系里,磁珠会被这些聚乙二醇包裹着,会大大影响到在我们所要工作的环境里面磁珠对核酸的吸附。当然这个问题不单单在这款磁珠上面,在其他磁珠也会有这样的情况,我们不太建议保存磁珠的时候为了提高它的悬浮性,而保存在高浓度的聚乙二醇或者粘性很高的环境里面。在这种环境里,分装磁珠会比较容易一点,因为这个悬浮性很好,但是因为在磁珠表面吸附着这些聚乙二醇,那么它对于核酸的吸附能力会明显下降,所以在磁珠保存的时候,大家注意这点就可以了。

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