大家好，有朋友在问，用磁珠法提取DNA之后，所提取的产物通过琼脂糖凝胶电泳仪跑胶的时候发现胶孔有残留，这个残留是不是蛋白污染呢?

   这边我给大家列出来两张图（请查看视频图片）。我们用磁珠法提取核酸之后用琼脂糖凝胶电泳进行电泳的结果。上面这幅图胶孔干净，主条带也比较清晰。下面这幅图主条带比较清晰，但是胶孔里有很多残留。上面这幅图是来自人类全血基因组提取，下面这张图是来自动物血液基因组提取。

   因为我们英芮诚做了许多外包提取的服务工作，客户经常会提到样本跑胶的胶孔里有许多残留，这些在胶孔的顶部或者底部的残留污染是不是蛋白污染?对于我们下游会不会有影响，当然了也有很多客户直接讲你看你们提取的产物不干净。蛋白污染太多。这呢针对这个胶孔残留的事情我跟大家解释一下。之所以大家认为说这个胶孔残留就是蛋白污染，就是在前期我们用柱式法也好其他方法也好在提取的时候，经常会碰到一个问题当有蛋白污染的时候在胶孔上就会有残留这是对的。

   针对于磁珠法核酸提取那么这个胶孔里的残留到底是不是蛋白残留呢，我们要结合两个数据第一个数据就是OD值，如果我们的纯度260/280在1.6 1.7 1.8  以上甚至达到2.0以上，这个时候我们得量或者说我们的浓度这个值也蛮高的可是跑胶的时候你会发现我的主带并不像是OD值那么对应的浓度那么高，这种情况就出现下面这张图的情况。其实胶孔污染有俩两种因素造成：一种因素就是蛋白污染。那么当有蛋白污染的时候，你会发现260/280的数值会比较差，1.2 、1.3 甚至0.9 ，因为在280 这个波段上蛋白会有吸收峰，所以说如果260/280数值很差，胶孔上也有残留，通常情况下是我们提取产物纯度不够高夹杂着蛋白污染。那么如果我们OD值测出来非常棒，浓度也很高，但是这么高的浓度和我们条带的主带不对应时，我们就要对这个数据有个新的解读。

大家一定要注意这一点。这些胶孔里的残留它并不是蛋白污染，它是一些高分子量的DNA，也就是超DNA。它通常在跑胶的时候我们常规的这种琼脂糖凝胶它是跑不动的，跑不出来的。但是它确实是DNA。这也就是在和我们OD值相对应的时候，因为它是一个超高分子量的DNA也叫做HMW DNA它纯度是非常棒的，对应的OD值260/280也是比较好的，而且得量也会很高。但是我们通过Nanodrop测得量的时候其实测得是胶孔里的这些DNA和下面主带的DNA的叠加。也就是两部分的结合，但是我们要的是下面的DNA，不是胶孔里的DNA。

   所以说我们要判断胶孔里的残留是不是污染的时候，要结合我们胶孔跑胶的情况和Nanodrop测OD的情况对照着看，既要看浓度又要看纯度。如果说我们的纯度260/280很高的情况下，这个DNA去做下游NGS测序以及下游工作的时候是不受任何影响的。因为胶孔里的东西是DNA不是其他东西，那么如果260/280纯度很低，在胶孔里的残留多半是蛋白污染。因为蛋白和DNA是可以形成复合物的， DNA和蛋白形成的复合物在凝胶电泳的时候蛋白是跑不出来的，在蛋白上复合的DNA在荧光下也会发光，在胶孔里实际上是有蛋白和DNA复合物的残留，这个时候再进行下游工作的时候，有可能就会受到影响。

（1）如果说做SNP，单个位点或者几个位点检测的时候，基本上不受影响。

（2）但是如果说要进行二代测序或者三代测序多多少少会有影响。

  这也就是说当我们在跑胶的时候发现胶孔里比较亮的条带的时候，我们要判断到底是蛋白污染还是高分子量的DNA。我们要把胶图和OD值对照进行分析。如果OD值260/280数值不错而且得量也比较高，而且这个时候洗脱产物在做下游测序的时候是不会有影响的。如果纯度260/280数值比较在1.0以下，那么在这个时候往往会出现蛋白复合着DNA的几率就比较大了，那这个蛋白多少会对下游的工作产生影响。这就是判断胶孔里的残留是不是蛋白污染的时候需要注意的几点。