大家好,有朋友在问,磁珠法在用于ctDNA提取后,可以带着磁珠甲基化么?
出现这个问题是因为,ctDNA提取之后需要进行甲基化来完成后续有关癌症的诊断,其原理我们不做展开。市面上的很多甲基化的试剂盒,基本流程:先是提取ctDNA,然后洗脱。 在高盐体系给DNA修饰甲基,再用磁珠提取甲基化的DNA。在这个过程由于洗脱后甲基化,会打断流程的连贯性,导致这个流程长达3个小时。那么能不能直接带着磁珠完成甲基化的反应呢?答案是可以,这种时候,对应磁珠的要求比较高。在解释这个问题前,给大家普及一个概念,漏磁。在常规的核酸提取中,磁珠本身的磁性不会泄露,但甲基化是在2mol的亚硫酸氢盐,90°的高温,长达一小时的反应,常规的磁珠内核的四氧化三铁会和结合体系发生反应,四氧化三铁具有还原性,暴露在高盐高pH环境下,会被分解掉。反应结束后,磁吸吸不到磁珠。
如何判断漏磁现象呢?常规是判断不了的,教给大家一个简单的方法,把磁珠放在1mol的盐酸或者硝酸里面泡上1天,如果磁珠变黄了,磁性变弱,就是存在漏磁现象。市面上常规的磁珠都有漏磁现象,但是常规的样本提取反应条件不苛刻,即便有漏磁现象也不会产生现象。但是甲基化的极端条件不允许磁珠带着DNA直接反应,因而会导致过程增长。为此我们今年特别开发了一款磁珠EM001,可在高盐,高温和高pH下不漏磁。可以承受80-100°温度下,3mol亚硫酸氢盐,2个小时的以上不会发生化学反应。详细资料可以扫描屏幕下方的二维码访问官网。特别说明下,这款磁珠在提取ctDNA完成甲基化的效果非常棒,但是不太适合大片段DNA的提取,其对于片段具有选择性。
EM001这款磁珠吸附上DNA之后,磁珠带着DNA不需要洗脱,陪伴DNA完成甲基化,完成后磁珠带着DNA用80%乙醇清洗两遍后可以完成后续的诊断,可以大大缩短流程,提高效率,用于自动化等。评价一款磁珠能否直接用于甲基化,不在于磁珠提取DNA本身,而在于能不能耐受住甲基化的环境。谢谢大家。