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《二师兄聊磁珠2》之磁珠法核酸提取耐点事儿14、肝素抗凝全血可以用于基因组提取及PCR扩增吗?

发布日期:2018-12-03信息来源: 《二师兄聊磁珠2》之磁珠法核酸提取耐点事儿篇章点击率:

二师兄聊磁珠

盆友们,

2018年马上就要结束啦!

在这倒数的28天里,小师妹还是会勤奋的为大家推送《二师兄聊磁珠2》!希望能为大家的实验尽一份绵薄之力~~~

ps:本集主讲由我们的帅帅小哥哥:施伟同学主讲哦!


本集介绍
磁珠法核酸提取那点事儿

这期视频与大家分享的是肝素抗凝全血可用于基因组提取及PCR扩增吗?答案是不可以的,在我们进行全血核酸提取试剂研发过程中发现采用不同抗凝剂的采血管采集的血样,在基因组提取已经PCR反应过程中是有差异的。接下来我们了解一下肝素这种抗凝剂对基因组提取以及PCR扩增的一些影响。

首先,我们了解一下肝素的理化性质,肝素是分子量在5000-15000之间,溶于水,不溶于有机溶剂,带有强大的负电荷。这些理化性质决定了肝素在全血DNA 抽提过程中不能被酚、氯仿去除,亦不能被乙醇沉淀、洗涤去除,从而不可避免地被带入PCR反应体系。


内容介绍
磁珠法核酸提取那点事儿


肝素
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肝素抗凝的全血采用常规的磁珠法全血基因组提取试剂盒提取DNA后,紫外分光光度计完全可以显示提取的DNA得率和纯度不会比EDTA抗凝全血差多少,但是电泳会显示肝素抗凝全血DNA降解非常严重,以此为模板进行PCR扩展,结果往往会很差,很难得到典型的目的条带。

对于基因组DNA的降解,主要是因为:肝素是一种带强负电荷的粘多糖硫酸酯,能结合并激活全血中多种蛋白酶原和补体系统由此引起的一系列酶学效应,使得对于全血中DNA的保存作用非常差,DNA降解严重,可以在胶图上可以很明显的看出在主带的下方会有一个光亮弥散性的条带,这就说明DNA降解非常严重的。


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分析

肝素影响PCR反应主要表现在两个方面:

(1)、肝素对DNA聚合酶具有强大的亲和力。

在肝素存在时,PCR体系中的DNA聚合酶部分或全部错误活化成亲肝素型,不能与Mg2+作用形成正确的亲引物2模板复合体的活性中心,同时带有强大负电荷的肝素与DNA聚合酶结合后,与同样带有较高负电荷的模板DNA之间产生排斥作用,从而使活性中心作用的空间位阻增大,这样,未活化或未充分活化的DNA聚合酶与引物2模板复合体低效率作用,使引物不能延伸或延伸不完全,势必对PCR造成影响。

(2)、肝素影响PCR 反应体系中Mg2+的浓度。

肝素的氮位硫酸基团带有强大的阴电荷,具有较强中和阳离子的能力,可与体系中的Mg2+、K+等阳离子结合,特别是Mg2+,导致Mg2+过低,从而使PCR效率下降或失败。


总结
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如果拿到一份有价值的血样或DNA 样本,却已被加入肝素,建议用PBS充分洗涤细胞,可以洗两次,尽量的减少肝素带来的影响,然后尽早提取DNA并用肝素酶处理DNA样本。这样我们得到的基因组较为完整,下游PCR体系也会达到预期的效果,那么这就是为什么肝素抗凝全血不可以用于基因组提取及PCR扩增。

谢谢大家观看此次视频,下次再见。


采血管小科普
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1.红色试管帽采血管

采血管中不含任何添加剂,适用于常规生化血清检验,对检验结果无影响,缺点:离心不到位或者温育时间不够,容易形成纤维蛋白,容易堵塞设备针孔。

2.橘红色试管帽采血管

采血管中添加了促凝剂,能够激活纤维蛋白酶,促使可溶性纤维蛋白能够形成稳定的纤维蛋白凝块,采到的血,能快速离心出来,一般适用于医院的一些急诊实验。

3.紫色试管帽采血管

采血管中含EDTA-K2抗凝剂,一般采取喷雾制作,使得抗凝剂均匀分布管壁,制备标本为全血,一般适用于常规的血液学检测。

4.绿色试管帽采血管

也叫肝素管,采血管中含有肝素钠(锂),肝素直接具有抗凝血酶的作用,可延长标本凝血时间,一般适用于常规生化和急诊血浆检测,对某些特殊生化项目有一定影响,不适合做血凝和血常规实验。

5.黄色试管帽采血管

采血管内添加有惰性分离胶,标本离心后,分离胶使血液中的血清和血细胞彻底分开,保存时间较长,适用于急诊血清生化检测。

6.黑色试管帽采血管

一般用于凝血机制检测,枸橼酸钠毒性小,同样适用于血液保存。

7.灰色试管帽采血管

草酸钾/氟化钠,氟化钠是一种弱效抗凝剂,一般常同草酸钾或乙碘酸钠合并使用,其比例为氟化钠1份,草酸钾3份。其是血糖测定的a优良保存剂,不能用于尿素酶法测定尿素,也不用于碱性磷酸酶和淀粉酶的测定,推荐用于血糖检测。

8.蓝色试管帽采血管

枸橼酸钠抗凝管,枸橼酸钠主要通过与血样中钙离子螯合而起抗凝作用,适用于凝血试验。


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